A secreção do íon H+ e a reabsorção do HCO3 ocorrem devido à ação das células epiteliais tubulares. Por exemplo, no túbulo proximal, no segmento ascendente espesso da alça Henle e na porção inicial do túbulo distal, a secreção do H+ ocorre através da ação da proteína contratransportadora sódio-hidrogênio. Essa proteína secreta o H+ para o lúmen tubular por transporte ativo secundário, em troca da absorção do Na+ para dentro da célula. Esse transporte acontece porque, na medida em que o Na+ é transportado para dentro da célula a favor do seu gradiente de concentração, a energia metabólica é gerada de forma suficiente para garantir a secreção do H+ contra o seu gradiente de concentração (de dentro da célula para o lúmen tubular).
Como a membrana plasmática das células têm resistência elétrica, o HCO3 - (assim como outros íons) não transitam livremente através delas. Por isso, se faz necessário que o HCO3 - filtrado reaja com o H+ presente no lúmen tubular até formar o H2 CO3 e, a partir daí, formar CO2 e H2 O (imagem 1). O CO2 é uma molécula pequena, sem carga elétrica e apolar; por isso consegue transitar livremente através das membranas.
As células intercaladas estão na porção final do túbulo distal e no túbulo coletor. Elas secretam o íon H+ para o lúmen tubular, através de transporte ativo primário promovido pela ação da ATPase de hidrogênio.